El Decreto 89/1936, de 2 de diciembre, cambia la denominación de Jefe de Base Naval Principal por la de Comandante General del Departamento Marítimo.

El Decreto de 21 de septiembre de 1942 restableció el artículo 3 del Título III de las Ordenanzas Generales de la Armada Naval y volvió a la denominación de Capitanes o Comandantes Generales, según los casos.

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El 2 de abril de 1952 se llevó a cabo una reorganización de la Fuerza Naval por la que se suprimió la Escuadra y se creó la Flota.

La Flota se estructuró en cuatro divisiones:

• La 1ª con base en Ferrol.
• La 2ª con base en Cartagena.
• La 3ª con base en Cádiz.
• La 4ª, llamada División de Apoyo, con base también en Ferrol.

Las divisiones 1ª, 2ª y 3ª estaban formadas cada una por un crucero y una flotilla de destructores de cuatro unidades. Los efectivos de la Flota estuvieron por tanto constituidos por cinco cruceros y catorce destructores.

Las Fuerzas Departamentales, que dependían de los diferentes Jefes de los Departamentos Marítimos, se estructuraron en:

• Grupos de Escolta, formado por cuatro barcos (cañoneros y minadores), al mando de un capitán de navío. El Grupo de Escolta se incorporaba a efectos operativos a la División de la Flota apostada en la misma base para realizar ejercicios.
• Flotillas de Instrucción.
• Flotilla de Submarinos (Departamento Marítimo de Cartagena)
• Flotilla de Lanchas Rápidas (Departamento Marítimo de Cádiz).

Los guardacostas y guardapescas también eran fuerzas departamentales.

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La Flota volvió a reorganizarse por Decreto 171/1961, de 2 de febrero, dividiendose en tres agrupaciones Navales:

• Agrupación Naval del Norte. Con base en Ferrol.
• Agrupación Naval del Estrecho. Con base en Cádiz.
• Agrupación Naval del Mediterráneo. Con base en Cartagena.

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Cuatro años después, el Decreto 925/1965, de 15 de abril, desarrollado por la O.M. de 23 de abril de ese año, marcó las pautas de un nuevo cambio en la estructura de la Flota. Así, la Flota pasa a estructurarse en una “Organización por Tipos”. En cada “Tipo”, se encuadraría a las unidades de la Flota de acuerdo con sus características fundamentales o la homogeneidad de las misiones que pudieran desempeñar. Según este criterio todas las unidades se agruparían bajo un “Mando de Tipo” que sería responsable ante el Comandante General de la Flota (COMGEFLOT) de la preparación táctica y logística de las unidades a sus órdenes.

Además, las unidades colectivas que constituían la Flota se agruparon en dos Mandos de Tipo:

• El Mando de Escoltas (MANDES) con un contralmirante al frente (CAJEMANDES) con su órgano de mando en Ferrol.
• El Mando Anfibio (MANFIB) con un contralmirante al frente (CAJEMANFIB) con su órgano de mando en Cádiz.

El Decreto 487/1965, de 25 de febrero, establece la división del litoral del territorio nacional en Provincias y Distritos Marítimos.

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La Ley 9/1970, de 4 de julio, Orgánica de la Armada, establece la Fuerza, los Servicios y los Órganos Auxiliares como los tres componentes de la Armada.