Una vez comprobado que el golpe no triunfaba y que la guerra civil desencadenada se alargaría, los militares rebeldes comienzan a estructurar sus fuerzas.

La Junta de Defensa Nacional proclama a Franco, el 29 de septiembre de 1936, como Jefe de Estado y Generalísimo. Se crea el Cuartel General del Generalísimo.

El Ejército se organiza, a lo largo de la contienda, en cuatro grandes unidades. El 2 de octubre de 1936, se crean los ejércitos del Norte y del Sur. El 3 de junio de 1937 se crea el Ejército del Centro, sobre el territorio comprendido entre el Alto Tajo y Cáceres. El 26 de noviembre de 1938, el Ejército de Levante, recoge la mayoria de efectivos del disuelto Ejército del Norte.

Las Divisiones Orgánicas existentes al iniciarse la sublevación se fueron transformando en Cuerpos de Ejército, formados por unidades de mando y de servicio, más un número variable de Divisiones o Agrupaciones Divisionarias.

Especial importancia tuvo la participación italiana a través del Corpo Truppe Volontarie.

Acabada la Guerra Civil, por Decreto de 24 de julio de 1939, se reinstauran las antiguas Capitanías Generales y territorialmente se organizan en Regiones Militares, numeradas de I a VIII, y se adapta la estructura del ejército a la nueva organización territorial.

Por Decreto del 30 de agosto de 1939 se crea el Alto Estado Mayor, con el objetivo de tener un "órgano de coordinación, estudio e información, que facilitase al mando supremo los elementos de juicio convenientes para la orientación de sus designios".