Las Comisarías de Aguas, como órganos del Ministerio de Obras Públicas, nacen por Decreto 1740/1959, de 8 de octubre. El artículo primero determina que "se establecen tantas Comisarías de Aguas como Confederaciones".

Por Real Decreto 1821/1985, de 1 de agosto, las Comisarías de Aguas se integran en las Direcciones de las Confederaciones Hidrográficas.