El Real Decreto de 5 de marzo de 1926 crea la Confederación Hidrográfica al determinar, en su artículo 1, que "en todas las cuencas hidrográficas en que la Administración lo declare conveniente o en que lo solicite el 70 por 100, por lo menos, de su riqueza agrícola e industrial, afectada por el aprovechamiento de sus aguas corrientes, se formará la Confederación sindical hidrográfica".

La Real Orden de 19 de dicembre de 1929 le traspasa la franquicia postal.

La Orden de 11 de enero de 1958 organiza el Servicio de Policía Fluvial.

Por Real Decreto 1821/1985, de 1 de agosto, las Comisarías de Aguas se integran en las Direcciones de las Confederaciones Hidrográficas y se modifica la estructura de éstas.